Le Secrétariat général pour les affaires régionales assiste le préfet dans l'exécution des politiques de l'Etat en région. Il coordonne à cet effet les services déconcentrés de l'Etat.
Le SGAR Auvergne-Rhône-Alpes est basé à Lyon, avec un site distant localisé à Clermont-Ferrand, comprenant un délégué régional adjoint à la recherche et à la technologie et une mission Massif Central.